Tem algum problema o nome da escritura estar em apartamento?

Verifique a possibilidade de criar escritura apenas da sala comercial junto ao cartório, e na prefeitura quanto a vocação do imóvel pelo zoneamento da região, se é permitido uso misto do prédio, por exemplo, ou está irregular e precisa ser regularizado (risco de a prefeitura negar).

Creio que não.

Neste caso, será necessário alterar o IPTU como comercial, ou financiar como apartamento, para não ter problema no financiamento.

Sim pode tem que ser alterado e atualizado.

Sim, tem que passar para sala comercial, procure a construtora.

Provavelmente.

Se o imóvel e comercial não pode constar apartamento tinha que falar sala comercial.