São várias as implicações:
A averbação de benfeitorias é necessária para efeitos de calculo da valorização imóbiliária. Quando esse imóvel for vendido o ganho de capital será menor, pois você declarou no imposto de renda e averbou no Cartório de Registro Geral de Imóveis. As Notas fiscais das benfeitorias podem ser declaradas , porém você terá que entrar no site da Receita Federal ou consultar um
contador para entender as regras e como fazer esse procedimento. Não posso deixar de alertar que uma modificação não averbada, não tem validade jurídica perante a Justiça!