Calção pode ser usado para pagar aluguel?

Havendo acordo pode sim.

Sim, se estiver em atraso.

Pode ser no fim do contrato, se o proprietário aceitar. Exemplo, você deu duas cauções quando assinou o contrato. Dois meses antes de você sair pode não pagar esses dois meses, mas para isso acontecer tem o proprietário de estar de acordo, pois. L o normal é no fim do contrato o proprietário devolver as cauções.

Não.

A caução é a garantia do locador de que o imóvel será restituído da mesma forma que foi entregue. Se o locador permitir que o locatário fique sem pagar aluguel, descontando-o da caução, ele (locador) ficará sem garantia. Portanto, é uma prática que eu desaconselho.