Posso usar o FGTS duas vezes para compra de apartamento?

Sim.

Desde que não seja no mesmo município pode sim.

E Municípios diferentes pode.

Não há limites. O fundo de garantia pode ser utilizado quantas vezes forem necessárias, desde que não existam impedimentos nem do comprador nem da casa ou apartamento a serem adquiridos.

Pode usar em cidades diferentes, mil km de distância pelo menos.

Sim desde que haja o espaço mínimo de três anos.

Como assim, será 2 apartamentos diferentes, ou, utilizar o FGTS 2 vezes no mesmo apartamento? Se querer comprar o segundo imóvel na mesma cidade ou cidades limítrofes da que possui o imóvel, possuindo o primeiro, não poderá utilizar para aquisição do segundo imóvel se não possuir mais o primeiro imóvel, ai sim poderá comprar o segundo com o FGTS.