Como conseguir matricula do imóvel?

Sim, é possível que mesmo pagando IPTU o imóvel não tenha matrícula.

No Cartório de registro de imóveis, em alguns municipios tem imóvel que recolhe iptu apenas com contrato.

Consequentemente não!
Pode ser sim que mesmo pagando IPTU não tenha matrícula, por exemplo casa de Cohab! Ja tive caso de que o imóvel já estava quitado com a Cohab a anos e o proprietário não tinha ainda feito o registro e a solicitação da escritura em seu nome, dai no cartório de registro constava "transcrição" do imóvel, e, sendo feita toda a regularização da documentação o nº de matrícula deste imóvel foi criado por ser o primerio registro do mesmo! e nestes anos todos o IPTU foi pago corretamente!

Todo imóvel em si possui matrícula, a questão é qual a área de terreno ou construída que estará nessa matrícula. Pra entender melhor, o registro na prefeitura (IPTU) é apenas para impostos. A matrícula de registro de imóveis é como o nome diz, um registro, como uma certidão de nascimento do terreno. Conforme partes são retiradas desse terreno, fazendo terrenos menores, novas matrículas podem ser geradas, e essa informação sempre fica aparecendo na matrícula "mãe". A questão é que nem sempre as coisas funcionam como deveriam. Às vezes alguém vende 2 ou 3 terrenos menores de uma matrícula maior, a pessoa que compra vai na prefeitura e cria os registros, mas não faz o mesmo no Registro de Imóveis. Ou seja, esse lote terá um registro na prefeitura (IPTU), e terá sim uma matrícula, mas não será só daquela área que a pessoa comprou, e sim uma parte menor de um terreno maior.

CARTÓRIO DE REGISTRO DA SUA CIDADE.

Ver onde o imóvel esta localizado e procurar o cartório de imóveis mais próximos onde está registrado no cartório de imoveis.

Todo imóvel que tem IPTU é registrado, procure um cartório de registro de imóveis mais próximo.